Bereits nach dem Studium war Malin Engeli als amtliche Tierärztin im Veterinäramt beider Appenzell tätig. Seit Mai 2018 arbeitet sie beim Veterinäramt des Kantons Thurgau, wo sie im Mai 2020 die Leitung der Abteilung Lebensmittelsicherheit und Entsorgung übernahm. Seit März 2022, nach dem Ausscheiden der damaligen Kantonstierärztin, führte sie als deren Stellvertreterin den kantonstierärztlichen Dienst. Malin Engeli ist im Kanton Thurgau aufgewachsen, verheiratet und lebt in Eschlikon.
Im Veterinäramt wurden in den vergangenen Jahren neue Strukturen geschaffen. Die Reorganisation des Veterinäramts wird nun per Ende 2022 abgeschlossen. Das Veterinäramt gliedert sich in fünf Vollzugsabteilungen, denen nun Malin Engeli in fachlichen Belangen vorsteht. Zudem ist sie Mitglied der Amtsleitung. Die Gesamtverantwortung für das Veterinäramt verbleibt beim Amtsleiter.
